、鲜活货物。比如活鱼、虾等，因为海运运输相对其他运输方式，在时间上更长一些，鲜活类货物如果使用集装箱海运的话，在运输的过程中货物就会变质。
3、特大尺寸的货物不能使用集装箱海运，一些大的配件超高、超宽，这些货物只能通过散货船放在船舱或者甲板上来运输。
4、集装箱不办理军事运输。部队或军工企业办理集装箱海运运输的，按商运办理。军事运输使用自备集装箱的，不再按集装箱运输条件办理。
在集装箱货物运输中，为了船、货、箱的安全，必须根据货物的性质、种类、容积、重量和形状来选择适当的集装箱;否则，不仅对某些货物不能承运，而且也会因选用不当而导致货损。集装箱货物对集装箱的选用可作以下考虑：
汉堡和荷兰鹿特丹二港均，所有进出该二港的货物的包装、标志、危规编号等都必须符合《国际海运危规》,货物外包装表面必须印刷有危规的包装标记，否则，不能卸货或处以罚款。
泰国曼谷港口，凡进入该港卸货的易燃、易爆的270种全品必须在船边直接将货提走，其它上千种半品必须在船舶卸货后三天内将货提离港口。
菲律宾马尼拉港口，下列货物必须在船边卸交收货人：冰醋酸、活性炭、磷酸、双氧水、保险粉等。因此，上述货物的提单上必须列明收货人的详细名称、地址和电话、传真号。
东非港口蒙巴萨、坦噶、达累斯萨拉姆三港口均，所有货物收货人均需在船边直接提货，同时在提单上加盖有关条款。