midd-984物流行业职工薪酬、工人劳务报酬占比较高，比如司机的运输费用、工人的货物装卸费用等，有的物流公司人工成本就占了40%-50%。
物流公司进项结构主要包括燃油、车队车辆的维修保养、停车场地租赁、仓库租赁等，像货运司机、货物搬运工这些人工成本一般情况下是难以取得专用作为进项抵扣，车队车辆运输需要燃油，有的是找的私人加油站进行燃油购买，或者其他的一些难以取得的途径。
物流运输公司货物运输税率11%，物流辅助税率6%，开票必须根据经营范围分开开票，对不同税率的项目分开核算，否则税务部门将会根据就高不就低的原则，将税率低的服务项目也按照高税率征税。企业所得税25%，进行股东分红还有20%的个人所得税。
根据国家最新出台的小微企业普惠性税收减免政策，对与月销售额10万元以下的小规模纳税人，免征。
物流公司由于行业的特殊性，在收取货款、进项和开具销项之间存在着较长的时间差。合理利用这种进出时间差，在公司从销货方提货并运输到收货方的过程中，即尽量提前抵扣进项税额。根据收货方的付款情况灵活掌提供货数量和开具销项数额，避免在进货方尚未付清货款的情况下一次供货并全额开具销项，尽力减少带来的税务负担。
总部经济招商模式可以降低物流企业的综合税负压力，少部分地区拥有地方性税收优惠政策，物流公司只需要在这些园区内注册公司，个人独资企业或者有限公司的形式，享受园区的核定征收政策或者税收返还政策，具体相关政策如下：
个人独资企业，依法按照政策享受免缴纳企业所得税，相比普通类型的企业免除了13%、25%企业所得税、附加税和股东分红。
在园区个人独资企业仅需要缴纳1%，2%左右个人所得税，综合税率仅3%左右，大幅降低企业经营压力，因为个人独资属于个人所有，法人可以对账户里的资金灵活取现。
有限公司扶持政策主要面对年纳税额500万以上的一般纳税人，一般纳税人企业入驻税收优惠园区即可享受到园区内对企业的和企业所得税扶持。
现目前的总部经济招商模式是各地方为了解决招商引资发展当地经济水平而出现的政策，由于当地需要完成税收指标，不同的城市都有不同的招商模式吸引企业入驻当地，企业只要入驻税收洼地，可以解决企业高税负的难题，让企业合理合规的享受到税收优惠政策，合理优化税收。