经过巴氏杀菌设备杀菌的鲜奶存在乳酸菌，需要低温存储运输确保乳酸菌活跃程度低，进而保障乳品品质。因此巴氏奶通常搭配冷链物流设施进行运输存储。当然，随着人们对食品方便性的提高，也出现了巴氏杀菌热处理工艺，首先对乳品进行常规巴氏杀菌，待乳酸菌发酵后再运行一次灭菌程序，这种方式既实现了乳品风味的保留又简化了乳品运输程序。
让人感到熟悉的产品就是巴氏杀菌乳。无论是逛超市还是在网上购物，巴氏杀菌工艺都作为一种先进工艺被多数企业作为宣传要点。巴氏杀菌工艺通常温度设定在90℃以下，相对于高温灭菌设备、超高温灭菌设备的100℃以上甚至近200摄氏度而言温度较低。这就要求鲜奶在原料生产初期就要有良好的品质，需要经过严格检验要求才能被用于生产。
果汁产品在二次杀菌阶段通常将巴氏杀菌设备调试到95℃左右，这一温度能够确保剩余微生物。但也有企业在思考这一温度是否真的必要，他们通过大量研究测试，发现针对高酸度的果汁产品而言，这一温度并不是适宜温度，即便将温度下调15℃，这类果汁产品的口感、营养等条件也不会发生改变。但这一改动对于企业的意义却极为重大，它让不少企业仅从杀菌阶段就节省近两成能耗。
巴士杀菌法作为一种为食品杀菌消毒的方式，以其自身优越的特性在食品生产过程中占据了独特地位。在这种情况下，相关设备生产企业更要加强设备的研发，探求巴氏杀菌设备新的利润增长点，从而为企业赢得市场。
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